Zwar unternahmen die beiden Fürstäbte Rottler und Speckle von St Peter alles Erdenkliche, um die beiden Stifte zu erhalten. Aber nach anfänglichen Vertröstungen erfolgte durch Großherzog Karl Friedrich 1806 die definitive Auflösung der beiden Stifte „als mit den Einrichtungen des souveränen Großherzogtum unvereinbarlich“.
Baden zuvorkamen aber die Württemberger, die im Januar 1806 mit 80 Soldaten und 30 Berittenen im Namen des Königs von Württemberg das Kloster besetzten. Um ihre Besitzansprüche zu unterstreichen wurde überall die württembergischen Wappenschilder angebracht, die Klosterkasse verlangt und Fürstabt Rottler gezwungen ein Handgelübde auf den König von Württemberg abzugeben. Auch eine Abordnung der Malteser Komturei aus Heitersheim hatten Besitzansprüche anmelden wollen wurden aber durch die württembergische Kanonen vertrieben. Nach und nach sickerte aber die Ergebnisse des Pressburger Friedensschluss durch, dass die Klöster und österreichische Gebiete im Südschwarzwald dem Großherzogtum zufallen werden. Den Württemberger fiel es schwer, das schon Besetzte wieder zu verlassen und weigerten sich abzuziehen. Erst die Intervention des französischen Generals Monard bewirkte am 18. Februar 1806 den Abzug der württembergischen Soldaten. Die badischen Hoheitszeichen ersetzen die württembergischen.
In seiner Not wandte sich Fürstabt Rottler an den Erzherzog Ferdinand in Wien um Hilfe. Dieser versicherte auch, dass Wien die Treue des Schwarzwaldklosters nicht vergesse und notfalls ein Unterkommen des Konventes im Lande schaffe.
Nachdem 1807 Joseph Albrecht von Ittner mit der Auflösung des Klosters beauftragt wurde, begann der Auszug von Fürstabt Rottler und dem Großteil der Mönche mit den restlichen Kunstschätzen, darunter das kostbare Adelheid-Kreuz sowie den Gebeinen von 14 hier begrabenen Habsburgern. Es ging zunächst ins Stift Spital am Pyhrn in Oberösterreich und schließlich 1807 ins Stift St Paul im Lavanttal in Kärnten.
Das große Vermögen, Grundbesitz, Unternehmen wie die Brauerei Rothaus, Hammerschmiede Kutterau und das Eisenwerk Albbruck fielen dem Großherzogtum zu. Dazu gehörten auch die Priorate und Propsteien in Berau, Bürgeln, Gurtweil, Krozingen, Mengen und Oberried. Allerdings war es doch verwunderlich, dass kostbare Geräte und Gefäße nicht mehr auffindbar waren. Gelder wurden über die schweizerischen Besitzungen nach Zürich rechtzeitig transferiert, unersetzliche Archivalien wurden über das Kloster Einsiedeln für St Paul gerettet. Auch eine dreibändige Gutenberg-Bibel aus 1560 fand ihren Weg nach St Paul und wurde an die Libary of Congress verkauft, um die vernachlässigte Stiftskirche wieder den alten barocken Glanz verleihen zu können.
Kloster St Blasien 1783 |